Depuis le début de sa carrière internationale de musicien concertiste, Jean-Baptiste Dupont a donné quelques 500 récitals dans plusieurs pays d’Europe (Allemagne, Danemark, Espagne, Finlande, France, Italie, Lituanie, Luxembourg, Norvège, Pays-Bas, Pologne, Suisse…), aux USA et en Russie, interprète d’un large répertoire allant de la Renaissance à notre époque, mais aussi improvisateur dans le cadre de nombreux récitals dédiés à l’improvisation, de ciné-concerts, de rencontres pluridisciplinaires, etc. Ses concerts ont été retransmis à la Radio aux USA, en Allemagne, au Luxembourg et en France. Il s’est produit dans des lieux prestigieux (Cathédrales de New-York, Paris, Westminster, Moscou, Cologne, Copenhague, Berlin…, Philharmonie d’Essen, Mariinsky et Conservatoire de Saint-Pétersbourg ; Bolchoï de Moscou, etc.) et dans de très nombreux festivals d’orgue et de musique classique.
Il est régulièrement invité pour des master-classes, notamment dans le domaine de l’improvisation. Il a été membre de jury de concours en France, aux USA et en Allemagne.
Il enregistre actuellement l’intégrale de l’œuvre d’orgue de Max Reger aux éditions Hortus dont les premiers volumes publiés ont été chaleureusement salués par la critique internationale. Sa version de la fantaisie de choral opus 52-3 a été préférée à six autres versions dans l’émission « le Jardin des Critiques » de France-Musique. Reconnu pour son travail autour de l’œuvre de Max Reger, il participe, en octobre 2012, au colloque international organisé par le Max Reger Institut et l’Académie des Sciences et de la Littérature de Mayence (Allemagne), et, en 2016, à de nombreuses manifestations autour du centenaire de la mort du compositeur. En 2019, il enregistre son premier disque consacré à l’improvisation. Son dernier disque consacré à Widor pour le label Audite a déjà reçu de nombreuses critiques positives et a été plébiscité par la presse musicale.
Après ses études, il a été finaliste dans un nombre important de concours internationaux tant en improvisation qu’en interprétation. Il remporte, entre-autres, le prestigieux premier prix du concours international d’improvisation de St-Albans (Angleterre, juillet 2009) ; les second prix, prix du public, prix du gouverneur et prix de la fondation Glinka et de la Fondation De Boni Arte au concours international d’interprétation « Mikael Tariverdiev » de Kaliningrad, Russie, en 2009 ; le troisième prix au concours international d’interprétation « Xavier Darasse » de Toulouse en octobre 2008.
Après avoir occupé plusieurs postes d’organiste depuis 1997, il a été nommé, sur concours en avril 2012, titulaire des grandes orgues de la cathédrale de Bordeaux. En 2014, il cofonde l’association Cathedra (musique sacrée à la cathédrale de Bordeaux). Il en partage la direction artistique jusqu’en 2018.