Emmanuel Van Kerckhoven begann im Alter von fünf Jahren mit dem Orgelspiel. Er absolvierte mit größter Auszeichnung die Codarts, die Rotterdamer Kunstschule mit Aart Bergwerff und Bernard Winsemius (Orgel), Folkert Grondsma (Improvisation) und Arie Hoek (Chorleitung, Liturgie und Hymnologie) als Hauptstudium ‚Orgel und Kirchenmusik‘. 

Darüber hinaus spezialisierte er sich auf Musikgeschichte, Orgelbau, Kontrapunkt und Fuge. Zusätzlich zu seinen Studien besuchte er verschiedene Meisterkurse u.a. bei Ben van Oosten, Peter Planyavski, Jean Boyer, Bram Beekman und Daan Manneke.

Emmanuel Van Kerckhoven ist Titularorganist der Sint-Norbertuskerk und der Sint-Carolus Borromeuskerk in Antwerpen. Im Jahr 2011 ergriff er die Initiative der Antwerpener Bach-Kantatendienste. Zu diesem Zweck gründete er das Antwerpener Barockorchester, dessen künstlerischer Leiter er ist.

Im Jahr 2014 spielte er bei der feierlichen Wiedereinweihung der Moses- und Aaron-Kirche in Amsterdam die berühmte Adema/Philbert-Orgel dieser Kirche. Als Konzertorganist spielt er im In- und Ausland. Er ist ein willkommener Gast in der Orgelreihe der Grote Kerk in Breda.

Er ist auch als Continuospieler und Begleiter tätig. Er wirkte an der Musiktheateraufführung R.U.T.H. mit, in der Film, Tanz, Elektronik und (Orgel-)Musik kombiniert wurden.

Er ist als Berater an verschiedenen Restaurierungsprojekten historischer Orgeln beteiligt.

Nach einem Interview mit Professor M. Gielis (Universität Tilburg) veröffentlichte dieser den Artikel „Kirchenmusik sollte ein Fest sein“, in dem Emmanuel Van Kerckhoven seine Vision beschreibt. Und kürzlich erschien eine Publikation über ihn: „Mit Bach sein Intellekt und sein Gefühl im Gleichgewicht“.