Emmanuel Van Kerckhoven a commencé à jouer de l’orgue à l’âge de cinq ans. Il est diplômé en « orgue et musique d’église » avec la plus grande distinction de Codarts, l’école des arts de Rotterdam, sous Aart Bergwerff et Bernard Winsemius (orgue), Folkert Grondsma (improvisation) et Arie Hoek (direction de chœur, liturgie et hymnologie).

En outre, il s’est spécialisé dans l’histoire de la musique, la facture d’orgues, le contrepoint et la fugue. En plus de ses études, il a suivi plusieurs masterclasses avec Ben van Oosten, Peter Planyavski, Jean Boyer, Bram Beekman et Daan Manneke, etc.

Emmanuel Van Kerckhoven est organiste-titulaire de l’église Saint Norbert et l’église Saint Charles Borromée à Anvers. En 2011, il a pris l’initiative des services anversois de cantate de Bach. À cette fin, il a fondé l’Orchestre baroque d’Anvers, dont il est le directeur artistique.

En 2014, lors de la reconsécration solennelle de l’église de Moïse et Aaron à Amsterdam, il a joué sur le célèbre orgue Adema/Philbert de cette église. En tant qu’organiste de concert, il joue dans son pays et à l’étranger. Il est un invité bienvenu dans la série d’orgues de la Grande Eglise de Breda.

Il est également actif en tant que joueur de continuo et accompagnateur. Par exemple, il a collaboré à la représentation de théâtre musical R.U.T.H. dans laquelle le film, la danse, l’électronique et la musique (d’orgue) étaient combinés.

Il est impliqué en tant que conseiller dans divers projets de restauration d’orgues historiques.

Après un entretien avec le professeur M. Gielis (Université de Tilburg), ce dernier a publié un article dans lequel Emmanuel Van Kerckhoven explique sa vision sous le titre : La musique d’église devrait être une célébration. Et récemment, une publication est parue à son sujet : Avec Bach, son intellect et son sentiment sont en équilibre.