Emmanuel Van Kerckhoven begon met orgelspelen op vijfjarige leeftijd. Hij studeerde met grootste onderscheiding af aan Codarts, Hogeschool voor de kunsten in Rotterdam met als hoofdvak ‘orgel en kerkmuziek’ bij Aart Bergwerff en Bernard Winsemius (orgel), Folkert Grondsma (improvisatie) en Arie Hoek (koordirectie, liturgie en hymnologie).
Verder specialiseerde hij zich in muziekgeschiedenis, orgelbouw, contrapunt en fuga. Naast zijn studie volgde hij diverse masterclasses, onder andere bij Ben van Oosten, Peter Planyavski, Jean Boyer, Bram Beekman en Daan Manneke
Emmanuel Van Kerckhoven is organist-titularis van de Sint-Norbertuskerk en van de Sint-Carolus Borromeuskerk in Antwerpen. In 2011 nam hij het initiatief van de Antwerpse Bachcantatediensten. Daartoe richtte hij The Antwerp Baroque Orchestra op waarvan hij artistiek leider is.
In 2014, bij de plechtige herinwijding van de Mozes en Aaronkerk in Amsterdam, speelde hij het beroemde Adema/Philbert-orgel van deze kerk in. Als concertorganist speelt hij in binnen- en buitenland. Hij is een graag geziene gast in de orgelserie van de Grote Kerk in Breda.
Daarnaast is hij actief als continuospeler en begeleider. Zo werkte hij mee aan de muziektheatervoorstelling R.U.T.H. waarin film, dans, elektronica en (orgel)muziek gecombineerd werd.
Hij is als adviseur betrokken bij verschillende restauratieprojecten van historische orgels.
Na een gesprek met professor dr. M. Gielis (Universiteit Tilburg) gaf deze laatste een artikel uit waarin Emmanuel Van Kerckhoven zijn visie toelicht onder de titel: Kerkmuziek moet een feest zijn. En recent verscheen een publicatie over hem: Bij Bach zijn intellect en gevoel in evenwicht.