Frank Heye studierte am Königlichen Konservatorium für Musik in Gent bei Edward de Geest und später bei Dirk Verschraegen. Er erhielt mehrere erste Preise und das Diplom „2. Zyklus neue Struktur, Instrumentaloption“. Außerdem besuchte er Meisterkurse bei J. Huys, E. Kooiman, T. Koopman und G. Bovet. Sein Repertoire umfasst Musik aus allen Stilperioden, mit besonderem Fokus auf zeitgenössische Musik. Er hat mehrere Werke flämischer Komponisten uraufgeführt.

Frank Heye ist Titularorganist der Orgel in Destelbergen, die er 1994 mit seiner Unterstützung restaurierte, wobei er als Berater für das gesamte Projekt tätig war. 1996 gründete er dort ein „Orgelkomitee“. Er war auch Berater für die erneute Restaurierung der Orgel der Heilig-Kreuz-Kirche in Heusden. In Gent organisierte er Konzerte, die den flämischen Komponisten Arthur Meulemans, Robert Herberigs, Norbert Rosseau und Cyriel Van den Abeele gewidmet waren. Er tritt regelmäßig in Belgien und den meisten europäischen Ländern sowohl auf historischen als auch auf modernen Orgeln auf.

Frank Heye ist außerdem Vorsitzender der Orgelkonzerte in der St.-Macharius-Kirche in Laarne und der Sommerkonzertreihe in der St.-Bavo-Kathedrale in Gent, die vom Gent Orgelzentrum organisiert wird. 2003 erhielt er die „Médaille d’argent“ der akademischen Vereinigung „Arts, sciences et lettres“ in Paris für seine künstlerischen Verdienste. 2014 wurde er beim Internationalen Orgelfestival in Kortrijk mit einem Doppelpreis ausgezeichnet und erhielt eine Ehrenurkunde.

Als Lehrer ist er an der Kunstakademie in Gent und der Städtischen Akademie für Musik, Wort und Tanz in Oudenaarde tätig, wo er eine umfangreiche Lehrtätigkeit hat. Er wirkte an CD-Aufnahmen mit dem Kammerchor „Soratea“ unter der Leitung von Patrick Debrabandere, dem Männerchor „St. Barbara“ aus Heusden unter der Leitung von Jos van den Borre mit, darunter Musik von Peter Benoit, und dem Posaunisten David Ray (Posaunist der Brüsseler Philharmonie). Außerdem war er an einer Doppel-CD-Aufnahme des gesamten Orgelwerks von Gabriël Verschraegen beteiligt, die von „Orgelkunst“ in Auftrag gegeben wurde.