Frank Heye a étudié au Conservatoire royal de musique de Gand avec Edward de Geest, puis avec Dirk Verschraegen. Il a obtenu plusieurs premiers prix ainsi que le diplôme de « 2e cycle nouvelle structure, option instrumentale ». Il a également suivi des masterclasses avec J. Huys, E. Kooiman, T. Koopman et G. Bovet. Son répertoire comprend des œuvres de toutes les périodes stylistiques, avec une attention particulière pour la musique contemporaine. Il a créé plusieurs œuvres de compositeurs flamands.
Frank Heye est organiste titulaire de l’orgue de Destelbergen, qu’il a contribué à restaurer en 1994, agissant comme conseiller pour tout le projet. En 1996, il a fondé un « comité d’orgue » sur place. Il a également été conseiller pour la re-restauration de l’orgue de l’église Sainte-Croix à Heusden. À Gand, il a organisé des concerts dédiés aux compositeurs flamands Arthur Meulemans, Robert Herberigs, Norbert Rosseau et Cyriel Van den Abeele. Il se produit régulièrement en Belgique et dans la plupart des pays européens, tant sur des orgues historiques que modernes.
Frank Heye est également président des concerts d’orgue à l’église Saint-Macharius à Laarne et de la série estivale à la cathédrale Saint-Bavon de Gand, organisés par le Centre d’orgue de Gand. En 2003, il a reçu la « médaille d’argent » de l’association académique « Arts, sciences et lettres » à Paris pour ses réalisations artistiques. Il a obtenu un double prix lors du festival international d’orgue de Courtrai en 2014 et a reçu un certificat d’honneur.
En tant que professeur, il est affilié à l’Académie des arts de Gand et à l’Académie municipale de musique, de la parole et de la danse à Audenarde, où il a une pratique d’enseignement étendue. Il a contribué à des enregistrements CD avec le chœur de chambre « Soratea » dirigé par Patrick Debrabandere, le chœur masculin « St. Barbara » de Heusden dirigé par Jos van den Borre, comprenant notamment de la musique de Peter Benoit, et le tromboniste David Ray (tromboniste de l’Orchestre Philharmonique de Bruxelles). Il a également participé à un double CD de l’intégrale de l’œuvre pour orgue de Gabriël Verschraegen commandé par « Orgelkunst ».