Peter Thomas wurde 1961 in Aalst geboren. Er studierte in Gent am Königlichen Konservatorium, wo er erste Preise für Klavier, Orgel und Kammermusik erhielt. Am Königlichen Flämischen Musikkonservatorium in Antwerpen wandte er sich den theoretischen Fächern zu und erhielt erste Preise für Kontrapunkt und Fuge. Er spezialisierte sich auch auf das Orgelspiel an der Maastrichter Musikakademie, wo er das Diplom als darstellender Musiker mit großer Auszeichnung erhielt.

Als Organist ist er auf verschiedenen CD-Aufnahmen zu hören und arbeitet regelmäßig mit Radio Klara-Produktionen zusammen. Neben dem Verlagswesen engagiert er sich für Aktivitäten, die die Orgel einem breiten Publikum bekannt machen. So war er beispielsweise der Initiator des Vereecken-Festivals 2000 anlässlich des hundertjährigen Bestehens der Vereecken-Orgel in der Sankt Josef kirche in Aalst. Im Jahr 2020 wurde er zum Organisten der Abteikirche in Grimbergen ernannt.

Peter Thomas ist Direktor der Städtischen Akademie der Darstellenden Künste in Aalst und lehrt Musikschriftstellerei am Königlichen Flämischen Konservatorium in Antwerpen.